Diversité de la noix de coco, phénotypique versus génétique, ex situ versus in situ par le Dr Roland Bourdeix
https://youtu.be/HhWiMkbPD6g
Diapositive 01
Bonjour mesdames et messieurs, chers collègues. Dans le
cadre de ce séminaire sur la Conservation In situ du cocotier, je vais
maintenant parler pendant dix minutes de diversité du cocotier, des phénotypes
et des génotypes, et de la conservation ex situ versus in situ.
Diapositive 02 - Contenu
Comme le but de ce séminaire est la formation, je
commencerai par définir les termes dont nous avons besoin en présentant un
glossaire sur trois diapositives. Cependant nous avons alterné les diapositives
de glossaire avec d’autres sujets pour que l’exposé soit plus agréable. Ensuite
je parlerai de phénotype et de génotype, et de la réponse des cocotiers aux
variations de l’environnement. Je terminerai en comparant et en présentant la
conservation in situ et la conservation ex situ.
Diapositive 03 –
Glossaire 1
Voici donc le glossaire, qui sera présenté sur trois
diapositives.
Une collection conserve du matériel génétique. Dans le cas
du cocotier, en 2023, toutes sont actuellement des plantations au champ conservant
des accessions de cocotiers vivants.
Une accession est définie comme une collection de matériel
végétal provenant d'un emplacement particulier, reçue par une collection pour
assurer la conservation durable d'un cultivar, d'une race locale ou d'une
population spécifique.
In situ : c'est lorsqu'une espèce est localisée ou
conservée dans sa situation habituelle, -dans les champs des agriculteurs, dans
des aires protégées ou parfois dans des sites touristiques.
Ex situ : C'est lorsqu'une espèce est conservée en dehors
de son emplacement habituel, comme dans des collections au champ en tant
qu'arbres vivants, ou parfois dans des collections in vitro de tissus et
d'embryons.
In vitro est utilisé lorsque le matériel végétal est situé
ou conservé dans un récipient en verre tel que des éprouvettes, de manière
transitoire ou dans le cadre d'une conservation ex situ.
Cryoconservation signifie congeler dans de l'azote liquide
à des fins de conservation (à une température de -196°C).
Diapositive
04 – Phénotype et génotype Madang Brown Dwarf
Le cocotier est une plante très sensible aux variations de
l’environnement. Pour illustrer ce sujet, je prendrais deux exemples. Le
premier est celui du Nain brun de Madang en Papouasie Nouvelle Guinée. Le Nain
Brun Madang est autogame et génétiquement très homogène. En Papouasie il
produit des fruits assez gros, de bonne composition, et avec des noix rondes.
Nous l’avons introduit dans la collection de Côte d’Ivoire. Curieusement, il
s’est mis à produire un grand nombre de petits fruits allongés et de moins
bonne composition. En Côte d’Ivoire, cette parcelle de collection a été plantée
sur des sables quaternaire. Ces cocotiers ont été plantés avec soin, en
utilisant la technique de sac en plastique de pépinière. Ils ont reçu une
fumure abondante mais standard. Cependant cette parcelle avait été cultivée de
façon traditionnelle avec du manioc qui avait progressivement épuisé le sol.
Une sécheresse est survenue environ deux ans après plantation. Ensuite les
cocotiers n’ont jamais récupéré. Ensuite, même avec une fumure abondante, ils
ont continué à produire un grand nombre de fruits, mais ces fruits étaient de
petite taille et de mauvaise composition. Enfin, depuis la Côte d’Ivoire, nous
avons renvoyé le Nain Brun Madang au Vanuatu, ou il a été planté sur de riches
sols volcaniques. Au Vanuatu, nous avons ensuite observé une composition du
fruit encore meilleure qu’en Papouasie. Pourtant il s’agit du même génotype,
planté dans des conditions environnementales différentes. Le cocotier peut
souvent être comparé à un être humain. Imaginez qu’un enfant soit élevé dans de
mauvaises conditions, que pendant dix ans, sa nourriture est insuffisante et
génère un grand nombre de carences et des retards de développement. Même si
ensuite la situation s’améliore, l’enfant aura accumulé des caractéristiques
négatives de croissance et de développement qu’une nourriture abondante ne
pourra jamais effacer. C’est la même chose pour le cocotier. Un proverbe
dit : « prenez soin de votre cocotier pendant cinq ans, il prendra
soin de vous pour le reste de votre vie ».
Diapositive 05 - – Glossaire
2
Une variété est un sous-ensemble distinct, souvent
intentionnellement sélectionnée dans une espèce, qui se comporte de façon
uniforme et prévisible lorsqu'il est cultivé dans un environnement pour lequel
il est adapté. Le sens le plus large comprend le cultivar, l'écotype, etc. Le
cultivar est une variété cultivée. Le génotype signifie la constitution
héréditaire d'un individu. Le phénotype signifie l'apparence d'un organisme par
rapport à un caractère ou un groupe de caractères particulier (physique,
biochimique ou physiologique), en raison de l'interaction de son génotype et de
son environnement.
L'inflorescence est la partie de la plante qui porte les
fleurs, y compris toutes ses bractées, branches et fleurs, mais à l'exclusion
des feuilles non modifiées. Les inflorescences de cocotier comprennent à la
fois des fleurs mâles et femelles.
Diapositive
06 – Phénotype et génotype Laccadives Grands
A gauche vous pouvez voir une variété indienne dénommée le
Grand Micro Laccadives. On voit que sur le même cocotier, la taille des fruits
est très variable d’un régime à l’autre. En général, la taille des fruits est
inversement proportionnelle au nombre de fruits du régime. La taille des fruits
peut aussi varier fortement selon la nature du pollen qui l’a fécondé. Les noix
les plus petites sont souvent celles provenant d’autofécondation. A gauche, la
photo du haut montre un Nain Vert de Malaisie très productif, avec une canopie
en forme de X. Un an après, le même cocotier, photographié selon le même angle,
avait un aspect complètement différent. Non seulement la production était
inférieure, mais la forme de sa canopie avait changé et était devenu circulaire.
Cette production alternative bisannuelle est assez fréquente chez les cocotiers
nains. Dans ces deux cas, il s’agit de différences phénotypiques saisonnières
exprimées par un génotype.
Diapositive 07 - – Glossaire
3
Allogame désigne un cocotier qui est naturellement
fertilisé par le pollen d'un autre cocotier. La plupart des cultivars de
cocotiers Grands sont préférentiellement mais pas exclusivement allogames.
Opposé : autogame.
Autogame: désigne un cocotier qui se reproduit
naturellement par autofécondation. Le pollen d'un cocotier fertilise ses
propres fleurs femelles. De nombreux cultivars de type Nain sont
préférentiellement mais pas exclusivement autogame.
Consanguinité: qualifie une progéniture obtenue par
autofécondation ou en croisant des parents qui sont très proches génétiquement.
L'auto- pollinisation est possible pour les cocotiers car les inflorescences
ont des fleurs femelles et mâles. Chez les variétés de cocotier Grand,
l'autofécondation produit généralement une dépression de consanguinité, réduisant
le rendement et la croissance jusqu'à 30%.
Hybride: Dans le cas du cocotier, le terme «hybride» est
défini dans son sens le plus large comme le résultat d'un croisement entre des
populations, des familles ou des cocotiers individuels appartenant à deux
différentes variétés.
Diapositive
08 – Conservation in situ plus importante qu'ex situ
La superficie mondiale plantée de cocotiers est d'environ
12 millions d'hectares. La superficie mondiale pour la conservation dans des
collections ex situ au champ de cocotiers n'est que d'environ 1 000 ha (soit
environ 0,008 % de la superficie totale). La plus grande partie de la diversité
du cocotier est, de façon évidente, gérée et conservée par les agriculteurs. Les
scientifiques s’efforcent, avec des moyens très limités, de concentrer et de
conserver la biodiversité sur des espaces très réduits, que l’on appelle les
collections ex situ. L’amélioration et la conservation in situ par les
agriculteurs a créé l’extraordinaire diversité de variétés et de formes de
cocotier d’aujourd’hui. Cependant les méthodes de sélection des fermiers sont
souvent peu efficaces à court terme. Nous verrons pourquoi au cours de cette
formation. Si les scientifiques et les agriculteurs travaillent ensemble, une
petite amélioration des pratiques des fermiers pourra générer un immense
progrès sur la conservation de la diversité du cocotier.
Diapositive 09. Merci
Chers collègues et participants, merci de votre attention.
Je voudrais terminer cette conférence par une pensée pour le regretté Dr Pons
Batugal, mon mentor et ami, qui est décédé récemment. Au cours des 20 dernières
années, sa contribution à la recherche et au développement du cocotier a été
cruciale.
© R. Bourdeix, section DIFF-009-2.2, 2023